肝炎病毒侵入人肝细胞后，在那里生长和复制，除了某些肝炎病毒对肝细胞有直接损害外，多数肝炎病毒并不直接损害肝细胞，尤以乙型肝炎病毒（HBV）表现更为明显。

造成肝细胞损害的主要原因是机体的免疫应答，即机体对受感染的肝细胞的免疫清除反应所致。人感染HBV后，机体的免疫清除反应越强烈，病毒清除越彻底，肝细胞损伤就越大，病情就越重；相反，若机体不发生免疫清除反应，肝细胞也不会损伤，但病毒也不会被清除。

由于每个人感染肝炎病毒时的年龄、感染程度及机体免疫反应强弱不同，疾病的表现也会不同。

根据其免疫反应的强弱可分为：

①强反应型：免疫清除反应过强，加之肝脏受病毒感染的范围广泛，短时间内可出现大片肝细胞坏死，表现为重型肝炎。如能渡过生命的危险期，愈后病毒多能被清除；

②中反应型：表现为典型的急性黄疸型肝炎和部分急性无黄疸型肝炎。经过适当的治疗、休息，半年后多能痊愈。如果是乙型肝炎，则其中约50%～80%的患者能将病毒清除，而少数患者变为慢性肝炎（病毒未能彻底清除）；

③弱反应型：主要是指乙型肝炎、丙型肝炎和丁型肝炎，人体清除这些病毒的免疫反应低下，症状不明显，有时肝功能异常。有多种表现，如亚临床肝炎、慢性肝炎共同的特点是病毒未能被彻底清除，而肝细胞发生持续损伤；

④无反应型：典型的例子是新生儿时期发生的HBV感染，虽然病毒在新生儿肝细胞和血液中大量存在，但新生儿时期机体却不能识别，不能发生免疫清除反应，与病毒“和平共处”，肝细胞也不会受伤害。

医学上称之为免疫耐受，分为无症状HBsAg携带者或健康HBsAg携带者，二者区别在于后者在无症状的基础上经检查肝活检组织病理学证实不存在肝炎病变。